U vrijeme Jugoslavije radio je u Republičkom zavodu za planiranje, čijim je direktorom postao 1989. godine. Godine 1990. postao je voditelj Odjela za makroekonomsku analizu i politiku Ekonomskog instituta u Zagrebu, kojim je rukovodio do 1998. godine, kada je prešao na mjesto glavnog ekonomista Privredne banke Zagreb, piše Jutarnji. 

Godine 2000. preuzima mjesto direktora za makroekonomske analize koncerna Agrokor, a iste je godine u srpnju imenovan guvernerom HNB-a. Tijekom vođenja središnje banke dobio je nagradu udruženja guvernera europskih nacionalnih banaka za najboljega guvernera. Dužnost guvernera obnašao je u dva mandata te je bio najdugovječniji guverner od hrvatske neovisnosti.

Iz HNB-a se vratio u koncern Agrokor na mjesto savjetnika. Njegov odnos s koncernom bio je u fokusu javnosti zbog kontroverznih okolnosti u kojima je svojedobno prodana tvrtka njegove supruge. Rohatinski je inzistirao da u cijeloj toj priči nema ništa nečasnoga.

Rohatinski se svojedobno spominjao i kao mogući kandidat za hrvatskog premijera, no do njegova političkog angažmana o kojem se u više navrata pisalo u konačnici nikada nije došlo.

Rohatinski je autor nekoliko knjiga iz sfere ekonomije, a posljednju, 'Kriza u Hrvatskoj', izdao je prije nekoliko mjeseci.